La investigación constituye una función esencial y obligatoria en la Universidad Nacional de San Agustín, que la fomenta y realiza, respondiendo a través de la producción de conocimiento y desarrollo de tecnologías a las necesidades de la sociedad, con especial énfasis en la realidad nacional, de acuerdo al artículo 48 de la Ley Universitaria 30220.

Es el Vicerrectorado de Investigación de la UNSA que dirige el Dr. Henry Polanco, el organismo de más alto nivel en la universidad en el ámbito de la investigación que está encargado de orientar, coordinar y organizar los proyectos y actividades que se desarrollan a través de las diversas unidades académicas.

Pero, es el artículo 54 de la Ley Universitaria quien señala que las universidades pueden constituir Centros de Producción de Bienes y Servicios e Institutos de Investigación que están relacionados con sus especialidades, áreas académicas o trabajos de investigación. La utilidad resultante de dichas actividades constituye recursos de la universidad y se destinan prioritariamente a la investigación para el cumplimiento de sus fines

Nueve son los Institutos de investigación que tiene la Universidad Nacional de San Agustin al año 2023 y que prestan diversos servicios y bienes. Fue la Resolución del Consejo Universitario 822-2016 que aprobó el Reglamento de Institutos de Investigación de la UNSA que tiene 2 títulos, 16 artículos y 4 disposiciones transitorias.

Reúnen a docentes y estudiantes de pre grado y posgrado de la Universidad con la finalidad de realizar investigaciones en campos definidos y en diversas áreas de conocimiento con altos estándares de calidad y rigurosidad establecidos por el Vicerrectorado de Investigación en concordancia con lo normado por el CONCYTEC.

Los Institutos realizan investigaciones científicas, tecnológicas o artísticas, definen sus líneas de investigación, divulgan los productos de sus investigaciones, prestan servicios a empresas públicas y privadas, realizan transferencia tecnológica y acciones de capacitación y formación en investigación.

Cada Instituto cuenta con no menos de 8 docentes miembros plenos adscritos e inscritos en el DINA y el 25% inscritos en el REGINA. Cada Instituto cuenta con un Comité Directivo, un Director elegido por un periodo de tres años y con grado de Doctor y un equipo de investigación, una estructura y reglamento específico.

Los Institutos cuentan con un Plan a Mediano Plazo, un Plan Operativo Anual, un presupuesto y y un instrumento de control de cumplimiento de actividades, metas y resultados. Generan ingresos monetarios y no monetarios provenientes de los proyectos de investigación con empresas y por la producción de bienes y servicios. Los nueve institutos de investigación que tiene la Universidad Nacional de San Agustín son los siguientes:

1. Instituto de Ciencia y Gestión Ambiental – ICIGA “Antonio Brack”. Su actual Director es el Dr. Francisco Villasante Benavides.
2. Instituto de Investigación Astronómico y Aeroespacial “Pedro Paulet de la UNSA. Su Director es el Dr. Raúl Yanyachi Aco Cárdenas.
3. Instituto de Investigación, Innovación y Desarrollo de Ciencias de la Educación –INEDU UNSA. Su Director es el Dr. Oswaldo Turpo Gebera.
4.  Instituto de Investigación Nexus de Arequipa para Alimentos, Energía, Agua y el Medio Ambiente. Su Director es el Dr. Mateo Poco Pinto.
5. Instituto Internacional de Investigación e Innovación en Ingenieria Sostenible. Su Director es el Dr. Edgar Gonzales Centeno.
6. Instituto de Investigaciones Sociales de la UNSA. Su Directora es la Dra. Roxana Castillo Acobo.
7. Instituto de Investigación del Centro de Energias Renovables y Eficiencia Energética de la UNSA. Su Director es el Dr. Edgar Cáceres Cabana.
8. Instituto de Investigación y Desarrollo Hidrobiológico “Enrique Ávila Laguna de la UNSA”. Su Director es el Dr. Graciano del Carpio Tejada.
9. Instituto de Investigación Geofísica de la UNSA. IDIGUNSA. Su Director es el Dr. Orlando Macedo Sánchez.