Nació en Arequipa el 3 de noviembre de 1780 siendo sus padres Juan Luna Pizarro y Cipriana Pacheco de Chavez. Estudió en el Seminario San Jerónimo de Arequipa a los 11 años cuando era Director el Obispo español Pedro Chavez de la Rosa. Sus estudios universitarios los siguió en la Universidad Nacional San Antonio Abad del Cuzco donde logró las Licenciaturas en 1798 en Leyes y Cánones y Sagrada Teología, siendo un estudiante talentoso. Ejerció la docencia en el Seminario San Jerónimo en los cursos Filosofía, Ética y Matemáticas y el año 1801 se recibió de abogado en la Real Audiencia del Cuzco.

El año 1807, fue designado como Prosecretario del Obispado de Arequipa y posteriormente ejerció los cargos de Vicerrector y Prefecto de Estudios del Seminario San Jerónimo de Arequipa ejerciendo el año de 1808 el cargo de Sacerdote en la jurisdicción de Torata. En 1809 acompañó al Obispo Chavez de la Rosa a España en calidad de Secretario, donde presenció la resistencia del pueblo español contra la invasión de Napoleón, asistiendo a las sesiones de la Corte de Cádiz, que aprobó la primera Constitución de España, donde reforzó su conocimiento sobre la política, retornando al Perú en 1812. Le dieron un cargo administrativo en el Cabildo Metropolitano de Lima y posteriormente fue designado como Secretario por su talento jurídico y eclesiástico.

En 1819 a propuesta de la Junta de Catedráticos, fue designado como Rector del Colegio de Medicina de San Fernando en Lima. Después de lograrse la independencia nacional en 1821, integró la Sociedad Patriótica del Perú en 1822 cuando se debatía en el país cual debía ser el régimen de gobierno que más le convenía a nuestra patria. Ese año fue elegido como Diputado por Arequipa al primer Congreso Constituyente del Perú donde posteriormente fue elegido como Presidente de ese Poder del Estado en 1822, quien con otras fuerzas políticas, redactaron las bases de la primera Constitución Política aprobada en 1823.

Formó parte de la Junta Gubernativa que presidió José de La Mar que al ser disuelta por el pronunciamiento del Ejército Peruano que impusieron como Presidente a José de la Riva Agüero, obligando a Luna Pizarro a pedir licencia y viajar a Chile. Estuvo allí hasta 1824 cuando finalmente se logró la independencia en la Batalla de Ayacucho contra las fuerzas realistas de España. Volvió a Arequipa donde fue designado Tesorero del Cabildo Diocesano y posteriormente viajó a Lima donde fue nombrado como Tesorero del Cabildo Metropolitano. Cuestionó las decisiones del Libertador Simón Bolívar, ya que consideraba que era un dictador cuyas decisiones afectarían al Perú al iniciarse la nueva república.

En 1826 fue elegido nuevamente como Diputado de Arequipa para el Congreso que no pudo funcionar por la crisis política del país. Fue un férreo opositor al gobierno de Simón Bolívar, quien consideraba que Luna Pizarro era el ideólogo de los opositores a su gestión, oponiéndose con varios argumentos a la proyectada Constitución Vitalicia que pretendía el político venezolano, lo que motivó que Bolívar califique a los representantes de la ciudad blanca que eran en su mayoría liberales como “los malditos diputados de Arequipa”.

Sus críticas al gobierno de Bolívar le generaron problemas políticos por lo que viajó a Chile en 1826, retornando al país en 1827 luego que cayera la dictadura bolivariana. Ese año fue elegido nuevamente como Diputado de Arequipa al Congreso Constituyente siendo elegido presidente en 1828. Apoyó la elección del Presidente Constitucional José de la Mar y fue uno de los ideólogos de la Constitución de 1828 donde propuso muchos derechos y principios constitucionales liberales.

Al ser declarada la guerra entre Perú y Colombia en 1828 y darse un golpe de estado contra el gobierno de José de la Mar, ingresó al gobierno el Gral. Agustín Gamarra, por lo que Luna Pizarro que apoyaba a De la Mar, tuvo que verse obligado a emigrar Chile no reconociendo a un gobierno que provenía de un golpe de estado. En 1831 pese a estar ausente del país, fue designado Deán del Cabildo Eclesiástico de Arequipa, retornando a su ciudad en 1832. Fue elegido como Senador por Arequipa ante la Convención Nacional en 1833 para aprobar la nueva Constitución Política que inicialmente no acepto alegando razones personales, pero finalmente tuvo que dar marcha atrás siendo representante de la blanca ciudad en ese foro político.

Por su amplio conocimiento político y jurídico, fue elegido Presidente de la Convención Nacional para el periodo 1833-1834 que sesionó en Lima, siendo apoyado por el grupo liberal para llegar a ese cargo, aprobándose la Constitución de 1834 con principios liberales. En 1835 se dio un golpe de Estado por el Gral. Felipe Santiago Salaverry. Pese a que fue consejero del Gral. José Orbegoso en 1838 como Presidente del Estado Nor-Peruano cuando existía la Confederación Peruano-Boliviana, Luna Pizarro decidió apartarse de la agitada vida política y consagrarse exclusivamente al sacerdocio.

Ha sido considerado por los historiadores y políticos, como el ideólogo de las tres primeras Constituciones del Perú en 1823, 1828 y 1834, donde defendía que el Perú debía ser un país unitario y descentralizado y no una república federal. Asimismo, pregonó que el presidente de la república no debía tener excesivo poder, pero también se oponía al militarismo que tuvo mucho poder e influencia en los primeros años del nacimiento de la república peruana.

En 1837 fue nombrado Obispo de Lima y Deán del Cabildo Metropolitano ejerciendo a plenitud su ejercicio sacerdotal, siendo nombrado en 1845 como Arzobispo de Lima por el Papa Gregorio XVI ejerciendo el cargo hasta 1855. Francisco Javier de Luna Pizarro, falleció a la edad de 74 años el 9 de febrero de 1855 en la ciudad de Lima. Sin duda que fue otro de los brillantes arequipeños considerado como una joya intelectual y que dejó huella histórica en nuestra república, ya que fue Presidente del Primer Congreso Constituyente en 1822, Presidente del Congreso Constituyente de 1828, Presidente de la Convención Nacional en 1834 y Arzobispo de Lima entre 1843-1855.